Pierwsza część „Rio” zarobiła prawie pięćset milionów dolarów i stała się światowym hitem. Druga część pokazuje życie Blu i Julii, którzy założyli rodzinę, mają trójkę dzieci i mieszkają w Rio. Blu stawia czoło swojemu wrogowi Nigelowi oraz próbuje nawiązać przyjazne stosunki z przerażającym teściem.

Blu i Julia wiodą w Rio szczęśliwe życie. Mają trójkę cudownych dzieci – Bię, która uwielbia czytać i wdała się w tatę, Tiago – najmłodsze z potomstwa, które uwielbia przygody i jest łobuziakiem oraz Carlę – najstarszą córkę, która kocha śpiewa i pragnie być artystką.

Julia dochodzi do wniosku, że dzieci muszą się nauczyć żyć jak dzikie ptaki, dlatego namawia rodzinę na wyprawę do Amazonii. Przyjaciele Blu – Nico, Pedro i Luiz-ostrzegają go przed niebezpieczeństwami, które czyhają w dżungli. Z kolei optymista Rafael namawia go na wyprawę, bo szczęśliwa żona sprawia, że i mąż jest szczęśliwy.